В последнее время на МАПП Бурачки скапливаются очереди из сотен (иногда тысяч) автомобилей. Данное явление периодически возникает на протяжении нескольких лет. Цикличность объясняется неравномерностью прибытия транспортных средств, что связано с графиком работы портов, сезонными ограничениями на движение грузового транспорта в сопредельных государствах и др. причинами.
Текущее непрогнозируемое скопление автотранспорта на МАПП Бурачки представители таможни объясняют также выдачей иностранным перевозчикам дополнительных разрешений на автомобильные перевозки по территории Российской Федерации. По их мнению, «число передаваемых разрешений не учитывает фактическую пропускную способность МАПП». При этом делается оговорка, что на других МАПП (Убылинка и Лудонка) очередей нет или они небольшие. Причины, по которым водители предпочитают стоять в очереди на МАПП Бурачки, не понятны.